Pilotes du projet : Dr. Nathalie Charbonnel, Dr. Gaëlle Gonzalez et Dr.Human Rezaei
Consortium : INRAE, Anses, Cirad, VetAgroSup, ENVT, CNRS , INRIA

Contexte

Dans un contexte où les changements climatiques, l’évolution des pratiques agricoles et les modifications des usages des territoires transforment profondément les dynamiques éco-épidémiologiques, et l’environnement dans lequel co-évoluent les hôtes, et leurs agents pathogènes, le projet AVEEC ambitionne de produire des connaissances fondamentales sur les mécanismes d’interaction hôtes - agents pathogènes à différentes échelles, allant des niveaux moléculaires et génomiques jusqu’aux processus éco-épidémiologiques et co-évolutifs. 
Ces connaissances constituent le socle indispensable pour anticiper l’émergence ou la résurgence de pathogènes, orienter la surveillance et développer des stratégies de gestion et de prévention adaptées.

Objectif

Ce projet vise à comprendre comment les transformations environnementales, climatiques et agroécologiques influencent l’évolution, l’adaptation et la transmission des agents pathogènes touchant les systèmes d’élevage. 
Il porte sur cinq agents choisis pour leur diversité biologique et leurs modes de transmission contrastés, comme exemples représentatifs de menaces actuelles et émergentes, sur le territoire ou dans des pays proches : le virus Influenza H5N1 sur bovins, les orbivirus de la FCO et de la MHE (BTV/EHDV), le virus West Nile (WNV), le virus de la peste porcine africaine (PPA) et les prions de la maladie débilitante chronique des cervidés (CWD).

Structuration

Le projet se structure autour de trois work package : 

• Le WP1 explore les mécanismes moléculaires d’adaptation, notamment les mutations clés, les régulations épigénétiques et post-traductionnelles, le tropisme cellulaire et les dynamiques évolutives des agents pathogènes face aux pressions climatiques et agroécologiques. 
• Le WP2 s’intéresse aux dynamiques de transmission aux interfaces faune sauvage–élevage, et aux risques de franchissement de barrières d’espèces, en intégrant des modèles épidémiologiques spatio-temporels et des scénarios de changements de distribution géographique et d’abondance des hôtes et vecteurs. 
• Le WP3 analyse les processus de coévolution dans ces pathosystèmes, en se focalisant sur l’impact des variations de sensibilité immunitaire, du microbiote et du pathobiome des hôtes, sur les interactions avec les agents pathogènes.

Résultats attendus

Les résultats attendus comprennent l’identification de signatures moléculaires de virulence et d’adaptation inter-espèces, la création de modèles multi-échelles de transmission, de nouvelles données sur la compétence vectorielle en conditions climatiques contrastées, des cartographies du risque actualisées et des biomarqueurs utiles pour la surveillance précoce. 
Ces avancées permettront une meilleure anticipation des risques d’introduction et de diffusion des agents pathogènes, tout en alimentant les stratégies de prévention (notamment en étroite collaboration avec le Projet VACCINS) et de gestion sanitaire (en collaboration avec le Projet PRISME) développées dans les autres projets du PEPR Élevages Durables.